W "Eleni" autor próbuje odkryć prawdziwe fakty dotyczące śmierci swojej matki - Greczynki imieniem Eleni. John Malkovich wciela się w postać Gage'a (w filmie zwany Nickiem), dziennikarza New York Timesa, który odesłany do Albanii ma za zadanie opisać działania wojenne. Niespodziewanie Nick powraca myślami do czasów swojego dzieciństwa - przybył bowiem do miejsca, gdzie się wychował. Przypomina sobie swoja matkę - Eleni, która w czasie wojny próbowała ratować swoje dzieci, wywożąc je za granicę. Została za to aresztowana i skazana na śmierć. Nick pragnie wyjaśnić sprawę sprzed wielu lat. Udaje mu się odszukać lokalnego polityka Katisa (Oliver Cotton), który podpisał wyrok śmierci jego matki. Młody dziennikarz jest zdesperowany, snuje plany zamordowania polityka...