"Bokura ga ita" to historia trzech lat z życia pary. Nanami Takahashi to przeciętna nastolatka rozpoczynająca naukę w liceum. Poznaje przystojnego chłopaka o opinii playboya, Motoharu Yano, który budzi w niej niechęć, ale tylko początkowo. Z czasem to uczucie zmienia się w sympatię, którą chłopak po pewnym czasie zaczyna odwzajemniać. Zdawało by się, że to początek sielanki, ale na scenę wkraczają młodsza siostra byłej dziewczyny Moto, Yuri Yamamoto i najlepszy przyjaciel Yano, Takeuchi. Oboje skrywają silne uczucia do dwójki głównych bohaterów, ale jak długo można coś ukrywać... Jaka tajemnica łączy Yano i Yuri? Jaka zareaguje Nana, gdy pozna prawdę? Czy przyjaźń miedzy chłopakami przetrwa, gdy w grę zacznie wchodzić miłość?