W stworzonym przez człowieka podziemnym społeczeństwie, potomek generacji skazanej na wygnanie, współzawodniczy z rozpadającym się miastem Lux. Ishise- sierota, zmienia wygranego walki, tracąc wraz z tym nogę i ramię ku satysfakcji rozwścieczonego organizatora. Na granicy śmierci, zostaje zabrany przez młodą lekarkę, która następnie używa go, jako świnkę doświadczalną do kolejnej ewolucji Texhnolyz. Z jego nowymi kończynami, Ishisem opiekuje się Oonishia, lider "Organu" - organizacji współdziałającej z Luxem. Jeśli Ishis zostanie wciągnięty głębiej w wojnę o terytorium kontroli miasta, dowie się o swojej prawdopodobnej przyszłości od młodej dziewczynki proroka Rana, który przewodził nim, gdy nie zdawał sobie z niczego sprawy. Wraz z wybuchem wojny, Ishis musi ujawniać prawdę o Luxie oraz walczyć, aby przetrwać dopóki zrealizuje swoje przeznaczenie…