Bezpośrednia kontynuacja pierwszego sezonu "Vampire Knight". Zero wraca po nagłym zniknięciu z akademii. Yuuki, której przeszłość wciąż owiana jest tajemnicą, zastanawia się, co dokładnie działo się ze strażnikiem podczas jego nieobecności. Zero próbuje uporządkować dziwne wizje, które nawiedzają go, od kiedy wypił krew Kaname. Udaje się w tym celu do Marii Kurenai, u której szuka odpowiedzi. Tymczasem wampiry z Najwyższej Rady przybywają do akademii, chcąc ukarać Zero za zabicie wampira czystej krwi.