Nowy rząd Japonii boryka się z problemem uchodźców azjatyckich, domagających się utworzenia własnego państwa. Odwlekanie sprawy doprowadza do ataków terrorystów, domagających się rozwiązania problemu uchodźców. Przywróceni do służby: Motoko Kusanagi i jej odział, prowadzą śledztwo w tej sprawie.