Naruto Shippuden to kontynuacja znanego serialu anime "Naruto". Akcja Shippudena zaczyna się po upływie dwóch i pół roku, podczas których główny bohater (Uzumaki Naruto) trenował wraz z legendarnym Senninem - Jirayą. Uzumaki powraca do Konohy, by spełnić obietnicę, jaką złożył swojej przyjaciółce, Haruno Sakurze - za wszelką cenę chce odbić z rąk Orochimaru ich przyjaciela - Uchiha Sasuke. Jednak sprawa nie jest taka prosta. Naruto musi się zmierzyć z wieloma przeszkodami, by dotrzeć do Sasuke. Na dodatek w jego ciele zapieczętowany jest demon Kyuubi i z tego powodu chłopiec ścigany jest przez organizację zwaną Akatsuki, która planuje zawładnąć nad wszystkimi demonami i stać się najpotężniejszą grupą na świecie. Nasz bohater nie jest jednak sam i z pomocą przyjaciół trenuje, by stać się na tyle silnym, aby sprostać wszystkim wyzwaniom.