Młoda instruktorka z Akademii FBI w Quantico, agentka Dana Scully, zostaje przydzielona do Archiwum X, specjalnego wydziału FBI, zajmującego się dziwnymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami. Jej partner, Fox Mulder, który do tej pory był jedynym pracującym tam agentem, głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich. Jego głównym celem jest wyjaśnienie zaginięcia siostry, która - jak twierdzi - została uprowadzona przez kosmitów. Scully, początkowo sceptycznie nastawiona do wszelkich teorii Muldera, niebawem sama staje się świadkiem niewytłumaczalnych zjawisk...