Film pokazuje jak w pozornie sztywnych ramach prawosławnego klasztoru można stworzyć świat pełen życia, piękna i artystycznej ekspresji. Sonia, młoda zakonnica, w nocy maluje ikony, a potem śpi do południa; ma psa, koty, egzotyczne ptaki oraz ciało, które zbuntowało się przeciwko surowemu mniszemu rygorowi. Próbując zrozumieć naturę bohaterki i sens jej życiowych wyborów, docieramy do rodziny Soni, naznaczonej trudną historią Rosji. Jednocześnie film jest podróżą do wnętrza prawosławnego kościoła, która pokazuje odradzanie się głębokiej duchowości narodu. "Gdzie jest Sonia?" opowiada o niezwykłej kobiecie próbującej w murach cerkwi odbudować wartości, jakie rosyjskie społeczeństwo utraciło pod rządami kolejnych politycznych reżimów.