Jest rok 2029. Komputery zupełnie zmieniły społeczeństwo. Są obecne praktycznie wszędzie. Zmieniła się definicja przestępstwa. Teraz najgorszą zbrodnią jest włamywanie się do sieci. Aby temu zapobiec powołano specjalny oddział Sekcja 9, składający się z cyborgów mających dostęp do sieci z każdego miejsca na Ziemi. "Ghost in the Shell" opowiada o poszukiwaniach przez parę agentów groźnego hakera ukrywającego się pod pseudonimem "Władca marionetek".