Film ten ukazuje dalsze losy poznanych już nam wcześniej bohaterów. Grupa poznaje nowego mutanta, który zaatakował prezydenta. Ma on dar teleportowania się. Magneto udaje się uciec z plastikowego więzienia, ale tym razem nie po to, aby przeszkodzić uczniom Xaviera, ale po to, aby połączyć siły i przeciwstawić się Williamsowi Strykerowi, który chce przejąć władzę nad Cerebro. Rogue oswaja się z grupą, a Wolverine odkrywa skrawki swojej przeszłości.