Po tym, jak przyłapał na gorącym uczynku i zbeształ pirata filmowego, Gintoki odkrywa, że przeniósł się do post-apokaliptycznej wersji Edo, które zostało zniszczone przez epidemię "Białej Plagi". W jej wyniku zmarło 30% populacji, a ponad 40% wyemigrowało na inne planety, przyczyniając się do wymarcia całej Ziemi. W tej oddalonej o 5 lat przyszłości, w której on sam zaginął bez wieści, Gin spotyka opanowanego Shinpachiego nie pełniącego już roli dodatku do okularów oraz piękną Kagurę mówiącą bez swojego akcentu. Kryjąc się pod przebraniem danym mu przez wehikuł czasu, lider Yorozuyi postanawia odkryć prawdę o wyniszczającej świat chorobie, a także zrozumieć uczucia swoich przyjaciół, którzy próbują poradzić sobie z jego odejściem.