Akcja filmu toczy się trzy lata po wydarzeniach z pierwszej części. Shuya Nanahara razem z innymi zwycięzcami Battle Royale, dokonuje ataków terrorystycznych na obecny rząd. Rok po zamachu, w którym zginęło 8000 osób, rząd tworzy specjalną grupę antyterrorystyczna, złożoną z 42 uczniów i wysyła ją do kryjówki Nanahary.